A FIV com ciclo natural é realizada da mesma forma que a fertilização comum. A grande diferença é que a mulher não terá que fazer a estimulação ovariana e o médico vai trabalhar apenas com um único óvulo.
Uma outra particularidade do método acontece porque a fertilização é realizada com Injeção Intracitoplasmática de Espermatozoide (ICSI). "Como nós temos um único óvulo, tentamos aumentar as chances de fecundação das células.
Indicações para FIV com ciclo natural

A primeira indicação para fertilização in vitro com ciclo natural é para casais formados por mulheres jovens, que têm ciclos menstruais regulares, e homens que apresentem algum problema nos espermatozoides. Outra situação que pode dispensar a utilização dos medicamentos é quando a paciente é saudável, mas possui uma obstrução nas trompas de falópio.
A segunda maior indicação de FIV com ciclo natural é para mulheres mais velhas, pacientes que tem uma resposta não satisfatória à estimulação ovariana. Apesar de receitarmos doses mais elevadas dos hormônios, mesmo assim elas conseguem produzir apenas um, dois ou no máximo três óvulos. Diante desse quadro, orientamos as pacientes a partirem para a fertilização com o ciclo natural, devido a fato de que o corpo já produz um óvulo por mês. Dessa forma, elas não precisariam se submeter às injeções.
Vantagens do tratamento
A grande vantagem do tratamento é que a paciente não vai ter nenhum risco de passar por uma síndrome do hiperestímulo ovariano, quando os ovários respondem de maneira exagerada ao tratamento, o que pode trazer complicações de saúde para a mulher. Além disso, a fertilização in vitro com ciclo natural tem custo menor do que o tratamento convencional.
Outra vantagem é que o risco de gravidez gemelar é mínimo. Se isso  acontecer, será obra da natureza, já que um único embrião será implantado no útero da mulher. O tratamento ainda oferece mais pontos positivos, como a seleção natural do óvulo. E o endométrio dessa paciente estará em condições melhores do que as que passam por estimulação ovariana. "Quando não há exposição a doses altas de hormônios, o endométrio fica mais receptivo ao embrião.
Desvantagens do método
A grande desvantagem do método são as taxas de sucesso, já que elas são maiores quando se transfere mais de um embrião na cavidade endometrial. Nos ciclos com estimulação ovariana, as taxas de gestação podem chegar, em pacientes jovens, até  próximo de 50%. Já quando o procedimento é realizado com o ciclo  natural, as taxas caem para cerca de 20%.